紐約市下水道，四只小海龜和一只小老鼠由于接觸了含有放射性物質(zhì)的凝膠而變異為巨大的人化生物。暴躁沖動(dòng)卻富有激情的拉斐爾（喬什·帕斯 Josh Pais飾），幽默風(fēng)趣的的米開朗基羅（邁克林·西提 Michelan Sisti飾），個(gè)性沉穩(wěn)的多納泰羅（雷夫·提勒頓 Leif Tilden飾）以及他們的領(lǐng)導(dǎo)者達(dá)芬奇（大衛(wèi)·福爾曼 David Forman飾），這四只功夫高強(qiáng)的忍者龜便肩負(fù)起為紐約市除暴安良的神圣使命。他們神勇無比、所向匹敵，在多次行俠仗義后，與城市里的一個(gè)神秘組織結(jié)怨。神秘組織展開一次突襲，由于寡不敵眾，忍者神龜受了重傷，同時(shí)，他們的老師也被這個(gè)神秘組織抓去。