2002年冬天，橫浜大橋突然被戰(zhàn)斗機(jī)炸毀，媒體雖然報(bào)導(dǎo)此為自衛(wèi)隊(duì)?wèi)?zhàn)機(jī)所為，但實(shí)際上這架戰(zhàn)機(jī)卻并不存在。民眾廣泛對自衛(wèi)隊(duì)產(chǎn)生了不信任感。特車二課第二小隊(duì)的后藤（大林隆介 配音）隊(duì)長察覺此事與在99年的那場事件中失蹤的自衛(wèi)隊(duì)隊(duì)員柘植有關(guān)——1999年，日本陸上自衛(wèi)隊(duì)的機(jī)器人 小隊(duì)在一次聯(lián)合國維和行動中遭到全殲。而柘植是特車二課第一小隊(duì)隊(duì)長南云（榊原良子 配音）原來的戀人。民眾的不信任感達(dá)到了頂峰，處于戒嚴(yán)狀態(tài)的東京面臨著大騷亂，人們被即將爆發(fā)戰(zhàn)爭的危機(jī)籠罩著。在自衛(wèi)隊(duì)王牌隊(duì)員荒川的幫助下，后藤（大林隆介 配音）和南云追查到了柘植的下落。后藤招集起泉（富永美伊奈 配音）、篠原（古川登志夫 配音）等特車二課原來的成員們，啟動PATLABOR機(jī)器人進(jìn)攻柘植的根據(jù)地……
　　本片是押井守導(dǎo)演推出了《機(jī)動警察PATLABOR》的第二部劇場版。