西歷2071年，迷之機(jī)械細(xì)胞群突然開始了世界規(guī)模的人類討伐作戰(zhàn)計(jì)劃。2074年，經(jīng)過長期抗戰(zhàn)之后，處于劣勢的人類動(dòng)用了最終破壞兵器，為了殲滅敵人，甚至不惜付出犧牲自己國家龐大國土的代價(jià)。于是主要大陸被分成了數(shù)塊，南極大陸也消失了，地球上的50%以上的陸地被海水所淹沒。大戰(zhàn)經(jīng)過了十年后……
　　原本在大戰(zhàn)中受傷而退伍不再當(dāng)飛行員的冬后大佐，卻突然接到了特殊命令。負(fù)責(zé)教育駕駛?cè)毡竞＼姍C(jī)密研發(fā)的、匯集了所有最新設(shè)計(jì)理念的新武器的飛行員們。令人驚訝的是，這三名飛行員候補(bǔ)生都是十幾歲的女孩子。精英軍人家庭中成長的一條瑛花也就算了，看著與戰(zhàn)爭看起來扯不上邊的IQ200的天才少女園宮可憐、以及看起來唯一的優(yōu)點(diǎn)就是有精神的少女櫻野音羽這兩個(gè)人，冬后啞口無言……在嚴(yán)酷的訓(xùn)練中，三人之間的羈絆也越來越深了。
　　被稱為“SKY GIRLS”的少女們，背負(fù)著人類的未來和希望?，F(xiàn)在正翱翔在這廣闊的天空中！！