自己的陽臺欄桿上出現(xiàn)了像被單一樣掛在上面的少女，這種非現(xiàn)實的情節(jié)出現(xiàn)在了上條當麻的眼前。雖然在這個城市——最先進科學(xué)引導(dǎo)的學(xué)院都市中，超能力已經(jīng)可以通過科學(xué)技術(shù)創(chuàng)造出來，但是眼前這位自稱“茵蒂克絲”的少女還是把上條當麻嚇了一條。茵蒂克絲自稱因擁有十萬三千本魔導(dǎo)書而被魔法師追殺，而上條當麻靠自己的超能力也認定了少女的魔法。少女以危險為由離開上條家，上條如往日一般去學(xué)校學(xué)習(xí)，但放學(xué)回家，卻發(fā)現(xiàn)茵蒂克絲倒在血泊之中。在科學(xué)與魔術(shù)交叉的世界中，上條當麻與茵蒂克絲的故事開始了。